Министерство здравоохранения РФ поддерживает возможность отклоняться от клинических рекомендаций в отдельных случаях. Для этого в порядок их применения добавлены консилиумы. Обязательными остаются только рекомендации, являющиеся критериями качества, но врачи могут выбирать методы в конкретных клинических ситуациях. В Министерстве отмечают, что проект приказа включает возможность формирования клинического мышления и выбора методов лечения. Также рекомендуется провести разъяснительную работу с медицинскими организациями по переходу на обязательные клинические рекомендации. Минздрав дорабатывает проект, учитывая мнения всех заинтересованных сторон.